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1953년에 남원 송동에서 태어나 서울대 미대와 동대학원에서 동양화를 전공했다. 서울, 파리, 시카고, 브뤼셀, 도쿄, 바젤 등지에서 수십 차례 개인전을 가졌으며, 국제 아트페어와 광주 비엔날레, 베이징 비엔날레, 인디아 트리엔날레 등에 참여해왔다. 대한민국 문화예술상, 미술기자상, 선미술상, 대한민국 기독교미술상, 안견미술문화대상 등을 수상했고, 대한민국 문화훈장을 받았다. 대영박물관과 온타리오 미술관, 국립현대미술관 등 국내외 저명 미술관에 작품이 소장되어 있다. 중국 시진핑 주석의 국빈 방문 때는 그의 작품이 증정되기도 했다.

고향 사랑이 남달랐던 김병종은 남원 시민들이 문화 예술을 가까이서 즐길 수 있길 바라며 남원시에 400점 이상의 대표 작품들, 5,000점 이상의 자료와 도서를 무상 기증하였다. 김병종의 기증 작품을 바탕으로 소장품을 확보한 남원시는 남원시립김병종미술관 건립을 추진하여 2018년 3월에 개관하였다. 남원시립김병종미술관은 초기작 〈바보 예수〉부터 근작인 〈풍죽〉, 〈송화분분〉까지 다수의 작품을 상설전시와 특별전시를 통해 시민들에게 선보이고 있다.

김병종은 글 쓰는 화가로도 널리 알려졌다. 대학 시절 동아일보, 중앙일보 신춘문예에 당선함과 동시에 전국대학 미술대전에서도 대통령상을 받는 등 일찍부터 글과 그림의 경계를 허무는 전방위적 예술가의 행보를 보여왔다. 동양철학 연구로 철학 박사학위를 받았으며, 『중국회화연구』를 통해 한국출판문화상을 받기도 했다. 서울대 미대 학장, 서울대 미술관장 등을 역임했고, 현재 서울대 명예교수, 가천대 석좌교수로 있다. 대표작 『화첩기행』(전5권) 외에 『바보 예수』, 『생명의 노래』, 『오늘 밤, 나는 당신 안에 머물다』, 『자스민, 어디로 가니?』, 『나무 집 예찬』, 『감히, 아름다움』(공저) 등을 썼다.